《四书大全》一直被主流学界诟病为抄袭旧作、敷衍塞责的誊抄之作。然如细致比较《大全》与其所本之书取材之异同，则可见出此一看法实未见中肯。如将《大全》与宋元四书类著述对朱子再传饶鲁（号双峰）的引用来看，则可改变对《大全》的固有认识。饶双峰《四书》论述虽以“多不同于朱子”而著称，然被《大全》引用多达570条。透过宋元诸家与《大全》对双峰说采用之比较，可对《大全》形成以下新认识：《大全》之来源并非限于倪士毅《四书辑释》，实同时吸收了吴真子《四书集成》等；《大全》对双峰说的选取较《辑释》有所删取，可见其虽以《辑释》为蓝本而并非照抄；《大全》采用双峰若干有违于朱子的争议之说，体现了编纂者的用心与眼光；在《四书通》与《四书辑释》对双峰说引用有所异同时，《大全》更倾向于《辑释》，可证二书关系之密切；从《大全》误将双峰《中庸》章节之分掺杂于朱子来看，该书确存粗率之处。
从《四书集成》所引双峰说反思《大全》之取材。学界普遍认为《四书大全》乃剿袭倪士毅《四书辑释》而成。顾炎武《日知录》严厉批评《大全》实以《辑释》为主，所作偶尔之增删，反不如原书妥当，造成恶劣影响。四库馆臣认同顾炎武说，认为《大全》完全以《辑释》为底本而成。“其书因元倪士毅《四书辑释》稍加点窜。”然而，当我们核对《大全》所引双峰说与《辑释》所引双峰说之异同时，则见《大全》所引颇有不见于《辑释》及他书，而正见于今残存之吴真子《四书集成》者。如此，则证明《大全》之底本，非仅取材于《辑释》，而实涉及《四书集成》等书。此正合于《大全》凡例交代主要取材二书的说明：“凡《集成》、《辑释》所取诸儒之说，有相发明者，采附其下。”然批评者皆几乎不提《大全》受《集成》之影响，而只是论其与《辑释》关系。此恐与《四书集成》之书流传未广有关。《四书集成》目前存两个版本，一为二十卷《论语集成》、十四卷《孟子集成》；一为六卷残本，即《论语集成》9-12卷，《孟子集成》6-7卷。两种版本最大差别在于残卷引饶鲁“《纪闻》”说，颇为可观。证明《大全》非仅取材《辑释》一书，实亦采用《集成》之说。《论语大全》计有17章所用双峰说仅见引于残卷《四书集成》，集中在《雍也》《述而》两篇，涉及三月不违仁、由也果、闵子骞为费宰等章。《孟子大全》9-12卷双峰说仅见引于残卷《四书集成》者集中于《万章上》、《告子上》14章18条，如杞柳章、生之谓性章等。此外，《大全》所引双峰说亦多有同时见引于《集成》与《辑释》《管窥》《四书通》等书者。如《大学》见贤而不能举，《中庸》诚者天之道章、尽己之性章等。也有个别所引双峰说未见于《集成》者，如《万章下》“一乡之善士”可能《集成》本就未引双峰说。
从《四书通》所引双峰说反思《大全》并非专主《辑释》。历来以《大全》选材基本同于《辑释》的判断虽似正确而不全面。比较来看，《四书通》与《辑释》皆大量引用双峰说，《大全》在多数情况下倾向于《辑释》，颇有双峰说为《四书通》所引而《辑释》未引，则《大全》不引者，如“愚不可及”章、犁牛之子章等，证明《大全》对《辑释》之倚重。又二书对双峰之引文常存在细微之别，《大全》多同于《辑释》。但情况也并非完全如此，在不少情况下，《大全》反而认同《四书通》而非《辑释》，此见出《大全》编者之用心。如述而不作章即取《四书通》，而《辑释》仅自开篇引至“实作”。或《四书通》引而《辑释》未引，则《大全》引之，其说当来自《四书通》，如予欲无言章等。也有《四书通》未引而《辑释》引之，而《大全》同样未引者，可见《大全》此又同于《四书通》，如一言而可以兴邦章双峰说之开头部分。又有《大全》对双峰说之选取与《通》《辑释》所引皆有不同者，表明编者在二者基础上对双峰之节选，体现了《大全》编撰者的思考。
《大全》选取双峰争议说反思其“点窜”论。双峰思想新颖，其《四书》解以立异于朱子著称，故双峰说为元代新安学派重视和引用，虽他们对之亦有批评，然实以引用为主，否定为辅，褒贬实不成比例。而对朱子抱有护教态度的学者则对双峰背离朱子说大为不满，尤其是元代史伯